Na verdade, eu tive que usar xinput para o meu próprio mouse para trocar os botões.
Normalmente o que eu faço (rodando o KDE, apesar de qualquer distro ter algo parecido) é abrir o gerenciador de aplicativos "startup". No KDE é chamado Autostart. Então você acabou de adicionar seu arquivo de script e está feito. Na próxima reinicialização, ele será carregado e seu mouse estará funcionando conforme você o definiu.
Quanto a fazê-lo no cron ou qualquer outra coisa ... (pelo menos no cron) NÃO digite o próprio comando no cron. Eu sei que quando eu executar scripts no passado no cron é necessário apontá-lo para o arquivo em si. Isso, naturalmente, fará com que ele execute o arquivo para o qual você apontou na hora especificada.
O que mais? Certifique-se de que seu arquivo de script esteja correto. É completamente possível que você acidentalmente fez algo errado. Eu sei que fiz isso no começo involuntariamente apenas transpondo algumas coisas.
Arquivo de exemplo:
mouse.sh
#!/bin/bash
xinput set-button-map "9" 1 2 3 4 5 8 9 6 7 10 11 12 13
(comando) (opção) ("ID do dispositivo") (Ordem dos botões)