Você não deve criar conteúdo de /var/www
como usuário root (foi o que você fez com gksudo nautilus
). Em vez disso, você deve adicionar seu usuário ao grupo www-data
e colocar o conteúdo em /var/www
como usuário.
Dessa forma, você e o servidor da Web terão acesso aos dados, e você poderá gerenciar o conteúdo de /var/www
sem precisar modificar as permissões manualmente.