Você não deve criar conteúdo de /var/www como usuário root (foi o que você fez com gksudo nautilus ). Em vez disso, você deve adicionar seu usuário ao grupo www-data e colocar o conteúdo em /var/www como usuário.
Dessa forma, você e o servidor da Web terão acesso aos dados, e você poderá gerenciar o conteúdo de /var/www sem precisar modificar as permissões manualmente.