O método mais fácil de copiar seus dados seria abrir o tipo de terminal:
sudo nautilus
e depois copie os dados para o seu hardrive externo. Eu costumo fazê-lo assim quando eu tenho que reinstalar a minha instalação do Ubuntu.
Além disso, não se preocupe com permissões, elas devem ficar bem quando o sistema for reinstalado, se não, poste um comentário abaixo e eu lhe direi como corrigi-las.