Desculpe, não posso ajudá-lo, exceto para especular que algo corrompeu seus arquivos antes que o chkdsk do Windows chegasse até eles - se uma perda de energia inesperada ou algo que você fez na unidade, ... não tenho outras idéias.
Para recuperação, talvez tente testdisk (para ver se eles podem ser recuperados) ou photorec (caso contrário).