Eu tive esse problema até uns 10 minutos atrás. A maneira como resolvi isso foi me livrar de todos os layouts de teclados no sistema, exceto EN-Dvorak e Pinyin.
Isto parece resolver o problema já que o ibus no modo pinyin especifica o layout de teclado padrão usado no sistema em "/usr/share/ibus/component/pinyin.xml"
<engine>
...
<layout>default</layout>
...
</engine>
Se não for possível encontrar algo diferente do dvorak, então é o padrão. Vou tentar adicionar o EN-US novamente agora e ver se ele mantém o dvorak como padrão.