Estou executando o Ubuntu 15.10. (e mesmo problema no Ubuntu 15.04) Atualizei recentemente do Ubuntu 14.04 (?) E não tive esse problema.
Quando tento usar o trackpad de dedo do Synaptics, não consigo controlar o cursor, mas posso usar o botão direito da física e o clique esquerdo. Eu posso usar um mouse USB externo para controlar o Cursor e uma conexão remota também.
Parece que estava relacionado ao BIOS, eu estava tentando configurar o WOL (Wake On LAN) antes de atualizar para o 15.10. Parece que, de alguma forma, desliguei o Touchpad dentro da BIOS quando voltei para desligar o WOL. (Segure F4 ou 0 para entrar no BIOS)