Eu ainda acho que o clonezilla é o caminho a percorrer, ele tem a opção de copiar e restaurar partições usb / internal dosent, desde que o ubuntu esteja rodando, apenas formate a partição onde você quer instalar o ubuntu mesmo onde ele está instalado. faça uma distro personalizada com todos os seus aplicativos e arquivos. Costumava haver uma ferramenta incrível para isso, chamada remastersys, mas eles terminaram o suporte após o ubuntu 12 boooo .sempre existem ferramentas semelhantes, como remastersys, você pode olhar para ele.