Seus filtros ffmpeg têm problemas, basta reinstalá-lo, isso deve resolver o problema
sudo apt-get autoremove --purge ffmpeg
sudo apt-get install ffmpeg
Você também pode precisar instalar o winff depois disso,
sudo apt-get install winff
Tente convertê-lo depois disso, caso não funcione, talvez você esteja tentando usar um filtro com uma dependência não atendida. Tente converter diretamente do terminal e diga se você encontrou o mesmo erro,
ffmpeg -i videoFile.mkv -vcodec copy -acodec copy VideoFile.mp4