Abra o VLC e tente Ferramentas , Ppreferences , Vídeo , Saída e altere o padrão para X11 , depois salve e reinicie o VLC.
Quando inicio o vlc no modo de tela inteira e defino a proporção (tentei apenas 16: 9) não consigo usar o menu de contexto e os controles. Está apenas piscando. Quando não mudo a relação de aspecto, tudo funciona bem. Eu estou usando fglrx-updates drivers no Ubuntu 14.04. Eu descobri em algum outro segmento que poderia ser causado pelo compiz, mas ainda não encontrei nenhuma solução.
Abra o VLC e tente Ferramentas , Ppreferences , Vídeo , Saída e altere o padrão para X11 , depois salve e reinicie o VLC.