Existem riscos de perder seus dados ao atualizar o Ubuntu de uma versão para outra.
A única maneira de resolver esse problema é fazer backup de seus dados antes de executar a atualização. Se você não quiser fazer backup de seus dados em um pendrive ou gravá-los em um CD / DVD, salve os dados diretamente na sua sessão do Windows sem usar uma memória externa, pois no Ubuntu você pode acessar a sessão do Windows.