Parece que o CRON foi o problema. Quando o programa Java foi executado e gerou os resultados para o arquivo, ele não pôde ser escrito corretamente. O arquivo SQL que eu estava lendo estava apontando para uma versão errada.
Para resolver o problema, adicionei o seguinte código próximo ao topo do script CRON
export LANG = en_US.UTF-8
Isso garantiu que o sinal £ fosse formatado corretamente.