Eu testei o soundconverter 1.4.4-2 usando o maverick e uma amostra sem perdas da Apple no container .m4a daqui: link , os metadados são preservados após a conversão para .mp3, eu verifiquei isso com o media player Banshee, Totem e Rhythmbox, eu até fiz cópias do arquivo e tentei uma conversão em lote e todos os arquivos convertidos em .mp3 tem o original Metadados, converti um .flac lossless para .mp4 também e novamente os metadados no .flac foi transferido para o arquivo .mp4, até mesmo a arte da capa do arquivo flac estava lá, então eu converti o arquivo de áudio .mp4 para. mp3 e os metadados ainda estavam lá, eu também usei o Easytag-aac para incorporar uma capa no arquivo .m4a e depois da conversão eu pude ver a capa no arquivo .mp3 ao tocar com o Banshee.
Da minha experiência aqui, eu diria que a perda de metadados após a conversão com o conversor de som não deve ser o resultado esperado. Até mesmo esse link do tópico do Ubuntu mostra que o soundconverter deve manter as tags no formato de saída.