O Windows não inicializa em outro hardware com facilidade, como o Linux.
O que você fez é usar o disco rígido do Windows em uma máquina virtual - alterando todo o hardware do ponto de vista da janela.
Você pode, no entanto, fazer uma instalação no VirtualBox e usar a partição raw-harddrive em vez de um arquivo de disco virtual, mas as janelas instaladas não poderão ser iniciadas nativamente sem o VirtualBox.