Tente isso:
wine start "c:\Program files\software folder\software name.exe"
A chave aqui é usar wine start em vez de apenas vinho para iniciar o programa.
Se você acha que o programa precisa ser executado a partir de seu próprio diretório, altere o campo "diretório de trabalho" em seu atalho para a localização do software. Exemplo:
"/home/username/.wine/drive_c/Program files/software folder/"