Então, depois de seguir muitos leads ruins, finalmente encontrei o seguinte:
> gsettings set com.canonical.indicator.datetime time-format 'custom'
então
> gsettings set com.canonical.indicator.datetime custom-time-format '%Y-%m-%dT%H:%M:%S'
Tenho certeza de que
%Y-%m-%dT%T
faz a mesma coisa.