Boas notícias: Consegui resolver o problema instalando o Wine 2.0 usando o PPA da Ricotz e usando seus winetricks mais atualizados.
Primeiro, remova a última instalação (no meu caso foi wine-devel)
sudo apt-get remove --purge wine-devel*
sudo apt-get update
sudo apt-get autoclean
sudo apt-get clean
sudo apt-get autoremove
Adquira o vinho Ricotz 2.0:
sudo dpkg --add-architecture i386
sudo add-apt-repository ppa:ricotz/unstable
sudo apt update
sudo apt install wine2.0
Crie outro prefixo (por exemplo: .wine32), defina WINEARCH para win32 e execute winecfg:
WINEPREFIX="$HOME/.wine32" WINEARCH=win32 winecfg
"Set Windows 7"
Em seguida, execute winetricks usando as últimas configurações:
WINEPREFIX="$HOME/.wine32" WINEARCH=win32 winetricks
Agora vá Selecione Winetricks padrão - > Instalar uma DLL ou componentes do Windows - > dotnet46 e instalá-lo.
O Wine irá baixar e instalar o dotnet46 e outros requisitos. Mesmo se pedir o Mono, ele continuará baixando mais e mais requisitos até que seja capaz de instalar o .NET 4.6 (não foi necessário ter o Mono para mim).