Você está confundindo coisas diferentes. Há um pouco de código no MBR. O MBR está bem no início do seu HDD e também armazena outras coisas como a tabela de partições. No entanto, as informações que podem ser armazenadas lá não são suficientes para inicializar um computador moderno, e o formato do MBR não permite armazenar mais dados lá. O MBR genérico clássico fornece somente 446 Byte para este e o MBR padrão moderno mesmo somente 218 bytes. (Existem outros também.)
Este código então carrega informações de uma partição. Se você usa o grub, as informações são carregadas de uma partição Linux, ou seja, de [whatever partition]/boot/grub e ocupa 6,9 MB na minha máquina. O código que o Windows coloca no MBR também precisa carregar mais informações de uma partição. É muito mais informação e o Windows dá a sua própria partição. É por isso que você tem uma partição com cerca de 100 MB quando o computador é fornecido com o Windows.
Então você precisa instalar o gerenciador de inicialização em /dev/sda . O processo de instalação cuidará de colocar os dados que não podem armazenar no MBR em [whatever partition]/boot/grub . Não instale o gerenciador de inicialização em uma partição.