O programa okular pode fazer isso. Mas você precisa usar "salvar como" para gravar as anotações em um novo pdf.
Citando o FAQ: link
% bl0ck_qu0te%Recebi um email com um anexo em PDF. Preciso passar o PDF de 20 páginas para um grupo de pessoas.
Esse grupo de pessoas deve se concentrar em uma parte da página 3. Eu gostaria de marcar essa parte com um quadrado vermelho, para facilitar a localização das informações importantes para as pessoas.
Como posso fazer isso?
Eu uso o Ubuntu LTS padrão (14.04).
Atualizar : não quero anotar texto como em outras perguntas. Eu quero desenhar um retângulo colorido.
O aplicativo xournal permite que você adicione linhas de desenho (retas e livres).
Você também pode adicionar textos e marcadores do seu PDF.
Você instala chamando sudo apt-get install xournal