Acho que você encontrará sua resposta aqui e mais alguns aqui .
Não é um bug, alguns arquivos estão ocultos porque são necessários para alguns programas (para configurações, arquivos de backup, etc), mas que geralmente não são necessários diretamente pelo usuário, e são ocultados para limpar o espaço visual.
Por exemplo, quando você edita um arquivo com gedit , quando cria ou modifica um arquivo de texto, ele cria um novo arquivo com um '~' no final que é usado como um arquivo de backup, que salva automaticamente o arquivo. trabalhe automaticamente e possa ser restaurado se gedit ou seu computador travarem e você se esquecer de salvar seu trabalho. Mas você não vê isso para poder usá-lo, então fica escondido.