Não é uma boa ideia instalar desktops adicionais com o Unity, mas não funciona bem com os outros. O Pantheon, também conhecido como elementary-desktop, também não joga bem com os outros, então combiná-los é uma receita para o desastre.
Essencialmente, o que aconteceu é que o Pantheon substituiu os pacotes GTK e os arquivos de configuração existentes. Também parece ter substituído alguns módulos GTK por módulos Pantheon que, como você removeu, agora desapareceram completamente.
Sugiro salvar todos os seus arquivos e configurações que você deseja manter antes de continuar. Uma vez feito isso, tente desinstalar o ubuntu-desktop, que vai quebrar mais coisas, mas como temos um backup, tudo bem. Em seguida, reinstale o pacote ubuntu-desktop para permitir que ele redefina as coisas que o elementary quebrou.
Esta não é uma correção garantida, mas, teoricamente, deve funcionar. Se tudo mais falhar, a reinstalação de todo o sistema retornará a um estado utilizável. Em seguida, você moveria seus arquivos de backup para a nova instalação.