Para uma configuração de todo o sistema, crie o arquivo /etc/X11/Xsession.d/45x11-custom_xrandr-settings
sudo nano /etc/X11/Xsession.d/45x11-custom_xrandr-settings
e adicione sua configuração
xrandr --output vga1 --mode 1024x768
Para uma configuração específica do usuário, crie o arquivo .xprofile
em sua pasta pessoal
nano ~/.xprofile
e adicione
xrandr --output vga1 --mode 1024x768