Isso soa como o típico "problema" estendido da área de trabalho que todos têm com dispositivos de caneta. Na verdade, o sistema Xinput possui uma Matriz de Transformação de Coordenadas que deve ser usada para restringir a área da sua área de trabalho. Mas é irritante recalcular e inserir essa matriz manualmente toda vez que você alterar a configuração da tela. Portanto, basta usar essa ferramenta da GUI para selecionar a tela a ser usada com a caneta ou o dispositivo de toque:
Acabamos de iniciar este projeto, portanto, informe-nos se funciona ou não para você. Vamos corrigir imediatamente se houver algum problema.