Suponho que você queira dizer que novas pastas são criadas em /home/user/Desktop/tmp . Ou você quer dizer que a pasta de criação é /home/user/Desktop//tmp ? Ou você quer dizer que uma janela aparece para mostrar o conteúdo de /tmp ?
Em qualquer caso, você instalou recentemente um aplicativo depois de baixá-lo? Algo como o Dropbox, ... Não depois de procurar no gerenciador de pacotes. Esses pacotes geralmente executam coisas no início da sessão e podem ter um comportamento inesperado.
Tente desativar seus suspeitos em Startup Applications (System > Preferences).