Abra o Terminal e digite:
xev
Com a nova janela em foco, pressione a Super key para obter seu código de acesso. Como você diz que é praticamente pressionado, digite o seguinte:
xmodmap -pk
Eu fiz isso e meu código de chave é 133 para Super_L e 134 para Super_R, pode não ser o mesmo, então faça um teste.
Para desativar um tipo de chave, o seguinte:
xmodmap -e 'keycode <number> = NoSymbol'
Eu duvido que uma das super-chaves tenha o problema, portanto, execute o comando para uma chave e verifique se o problema foi resolvido.