você não está nesse diretório onde o arquivo de configuração reside. então, você tem que mudar o diretório para o diretório bwa e executar o comando ./configure ele irá funcionar.
ou
Se você está enfrentando problema para instalar o bwa , siga o passo abaixo
instale o git usando
sudo apt-get install zlib1g-dev
sudo apt-get install git
execute o comando
git clone https://github.com/lh3/bwa.git
cd bwa; make
./bwa index ref.fa
./bwa mem ref.fa read-se.fq.gz | gzip -3 > aln-se.sam.gz
./bwa mem ref.fa read1.fq read2.fq | gzip -3 > aln-pe.sam.gz
Espero que isso resolva seu problema. para mais informações aqui