Isso precisa ser dito repetidamente: Não execute softwares desatualizados.
O PHP 5.3 chegou ao final de sua vida em 14 de agosto de 2014 , 1 ano e 8 meses atrás o tempo de escrever esta resposta.
Usar software obsoleto no final da vida não lhe trará nada além de vulnerabilidades de dor e segurança, a menos que você possa investir um tempo para pesquisar adequadamente todas as vulnerabilidades de segurança existentes em relação ao PHP desde a última versão 5.3.x do PHP e escolher com cuidado correções de versões mais recentes do PHP você mesmo.
Eu recomendaria definitivamente consertar o software que requer o PHP 5.3, seguindo os guias de migração do PHP:
E eu até recomendaria ir direto para o PHP 5.6 (ou mesmo para o PHP 7.0), pois ele terá suporte de segurança até 31 de dezembro 2018 . Os guias de migração estão aqui:
A migração do código para código PHP mais recente pode parecer um grande investimento, mas no final isso economizará tempo e dinheiro, já que executar um software desatualizado é um sério risco de segurança, especialmente quando conectado à Internet ruim, mas mesmo executá-lo com firewall dentro da rede limitada representa um risco de segurança quando sua rede interna é atacada.
A segunda opção seria usar o Ubuntu 12.04 LTS que possui o PHP 5.3.10-1ubuntu3.22 com os patches de segurança preparados pelos mantenedores da Canonical. Você pode pensar que 5.3.10 é menor que 5.3.29, mas o fato é que a versão do PHP no Ubuntu 12.04 LTS tem menos vulnerabilidades (sérias) de segurança do que o baunilha do PHP 5.3.29, porque os mantenedores do Ubuntu do PHP estão observando o vulnerabilidades de segurança e correção de PHP para mitigar as vulnerabilidades sérias nos pacotes.