Você pode adicionar o comando aos seus aplicativos de inicialização: Dash > "Aplicativos de inicialização" > Adicione o comando:
/bin/bash -c "sleep 15&&synclient VertScrollDelta=-120 && synclient HorizScrollDelta=-120"
O intervalo de 15 segundos é para permitir que a área de trabalho seja carregada antes que as configurações sejam alteradas (caso contrário, o comando será interrompido).
No próximo login, deve funcionar (após 15 segundos). Você pode experimentar um pouco com o intervalo. Provavelmente os 15 segundos estão no lado da economia.
Alternativamente
Você pode (em geral) criar um item de autostart manualmente (o que lhe dá controle total)
[Desktop Entry]
Name=Touchpad settings
Exec=/bin/bash -c "sleep 15&&synclient VertScrollDelta=-120 && synclient HorizScrollDelta=-120"
Type=Application
Copie o código acima, cole em um arquivo vazio e salve-o como:
settings_touchpad.desktop
Em ~/.config/autostart
. No próximo login, o comando na linha Exec=
será executado.