Aparentemente eu encontrei este bug . Não sei por que minha instalação funcionou tanto tempo (esse bug tem um ano e começou em 14.04), mas aqui está a correção:
sudo nano /etc/default/grub.d/dmraid2mdadm.cfg
Encontre a seguinte linha
GRUB_CMDLINE_LINUX_DEFAULT="$GRUB_CMDLINE_LINUX_DEFAULT $DMRAID2MDADM_TOAPPEND"
e comente como este
## GRUB_CMDLINE_LINUX_DEFAULT="$GRUB_CMDLINE_LINUX_DEFAULT $DMRAID2MDADM_TOAPPEND"
execute
sudo update-initramfs -u && sudo update-grub
Reinicialize e funcione novamente. Pode fazer sentido remover o arquivo de configuração, pois a transição do dmraid para o mdadm parece totalmente feita em minha configuração do Ubuntu Gnome 15.05.