Acho que o melhor aplicativo para edição de áudio no Ubuntu é o Audacity .
Você pode instalá-lo a partir do terminal digitando:
sudo apt-get install audacity
Remova o áudio indesejado da gravação (da Documentação oficial ) :
1- Defina Clique em : Desativado no Selection Toolbar
2- Clique no botão Ir para o início
3- Amplie até poder ver desde o início da faixa até o início da música
4- Clique e arraste do início da música para o início da faixa
5- Clique em Editar > Excluir
Salve seu trabalho! Clique em File > Salvar projeto .