O problema era todo o link simbólico desnecessário .
sudo ln -sf /usr/share/postgresql-common/pg_wrapper /usr/local/bin/pgsql2shp
Eu corrigi o problema finalmente apenas removendo os links simbólicos.
sudo rm /usr/local/bin/shp2pgsql
sudo rm /usr/local/bin/pgsql2shp
sudo rm /usr/local/bin/raster2pgsql
Depois removeu o postgis 2.1 com
sudo apt-get remove postgis-2.1
sudo apt-get remove postgresql-9.4-postgis-2.1
Em seguida, instalei o postgis novamente por
sudo add-apt-repository ppa:ubuntugis/ubuntugis-unstable
sudo apt-get update
sudo apt-get install postgis
Obrigado Gunnar Hjalmarsson pela ajuda!