Se você usa o dd para copiar um USB configurado com persistência, não vejo por que isso não funciona se os USBs não tiverem blocos ruins.
Se você quiser adicionar persistência a um USB criado a partir do ISO, basta adicionar a palavra "persistente" à linha do kernel (linux ...) tanto no grub.cfg (para máquinas UEFI) quanto no /syslinux/txt.cfg ( ou isolinux / txt.cfg). Também crie um arquivo chamado casper-rw de até 4G na raiz do USB e coloque um sistema de arquivos ext4 em it.e.g.:
dd if=/dev/zero of=casper-rw bs=1M count=1024
mkfs.ext4 -F -O^has_journal -L casper-rw casper-rw
Se os seus USBs forem grandes, você pode usar uma partição chamada "casper-rw" do arquivo para evitar o limite de 4G de arquivos nos sistemas de arquivos FAT.