rsync geralmente apenas copia o que está faltando ou foi alterado, parece haver também algumas GUIs para ele.
O comando para você pode ser semelhante ao seguinte, copiando recursivamente e preservando permissões, registros de data e hora etc. ( archive ), saída detalhada , usando compactação ( zip ) durante a transferência, mostrando Progresso :
rsync -avzP /media/oldhd/ /media/newhd/
em alguns casese, você pode precisar preceder sudo
se os arquivos forem de usuários diferentes.