Os arquivos Exe são arquivos executáveis para o Windows, não para o Linux.
Você não pode simplesmente executá-los no Ubuntu.
Alguns dos arquivos executáveis do Windows podem ser executados usando o wine.
Você pode instalá-lo por
sudo apt-get install wine
e tente abri-los clicando com o botão direito e selecionando "wine".
Mas não vejo razão para usar o xshell no Ubuntu. Você pode usar o terminal Ubuntu com o cliente ssh para tudo o que você precisa.