Você deve ser capaz de fazer isso com o sox , uma ferramenta de manipulação de áudio cli. Por exemplo, para concatenar dois arquivos e mixar um terceiro, depois reproduzi-lo:
sudo apt-get install sox libsox-fmt-all
sox Audio1.mp3 Audio2.mp3 out1.mp3
sox -m out1.mp3 BackgroundMusic.mp3 out2.mp3
play out2.mp3