Do transmission-gtk manpage para cores vivas:
FILES
~/.config/transmission
The config-dir used when neither [TRANSMISSION_HOME] nor [-g] is
specified.
Portanto, para carregar os arquivos de configuração transmission-gtk primeiro verifica a variável de ambiente $TRANSMISSION_HOME , então volta a verificar a opção -g e finalmente volta a carregar os arquivos de configuração do diretório ~/.config/transmission .
Como você está executando isso como um trabalho Cron, use a opção -g para especificar o caminho completo para a pasta de configuração da Transmissão:
transmission-gtk -g /home/username/.config/transmission