Você escreve: "Quando eu me conecto, o resolv.conf tem o servidor e a pesquisa de domínio, junto com a entrada dnsmasq de 127.0.1.1."
Isso é um comportamento inadequado.
O NetworkManager deve dar o (s) endereço (s) do servidor de nomes ao dnsmasq e não submetê-los ao utilitário resolvconf (que gerencia o resolv.conf) e / ou gravá-los diretamente no /etc/resolv.conf.
O próprio NetworkManager no Ubuntu se comporta corretamente, pelo menos sob circunstâncias padrão / normais.
Você está usando uma extensão do NetworkManager ou um programa utilitário de terceiros para configurar uma VPN ou algo dessa natureza? Pode haver um bug nessa extensão ou utilitário, de tal forma que o software envie a instrução de endereço do servidor de nomes de trabalho para o resolvconf e não o remova quando você sair do trabalho.
Geralmente, o software de terceiros não está adequadamente integrado ao Ubuntu e, em particular, muitas vezes não usa o resolvconf para adicionar e remover informações do servidor de nomes. Leia /usr/share/doc/resolvconf/README.gz para informações sobre o resolvconf.