Ok, descobri que posso instalar o link do Grub4Dos. Usei o bootlace.exe do DOS para configurar o Grub4Dos no MBR, e criou um menu.lst que inicializa no DOS (e depois no Windows CE). Para trocar para o boot do linux, eu só preciso modificar o arquivo menu.lst na unidade c: para fazer com que ele inicialize no Linux na segunda partição ...
Parece que a documentação do grub4dos é muito ruim, mas o link ajudou muito