Você disse que precisa iniciar dnscypt-proxy
manualmente. Pode ser que você deva usar pacotes dnscrypt-proxy do meu PPA:
Como o proxy dnscrypt é iniciado automaticamente.
Eu testei com o unbound em uma versão anterior do dnscrypt-proxy. Ainda preciso reinstalar a configuração não vinculada para a versão mais recente do proxy dnscrypt. Naquela época, posso ser capaz de lhe dar conselhos.
Acabei de postar ontem uma versão de teste do dnscrypt-proxy woking com o systemd para o Vivid 15.04.