Alguns dos últimos problemas do samba quando ele atua como DC ou um servidor membro estão relacionados com o kernel que você está executando.
Para o samba 4.0, o kernel 3.2.xxxx era bom. Para 4.1 você precisa usar o kernel 3.13.xxx.
Tente fazer o downgrade do kernel com duas versões para baixo no mesmo ramo que você está executando agora.