Eu acho que você não tinha as ferramentas make disponíveis quando instalou sua biblioteca mongodb. Eu sugiro que você faça
sudo apt-get install gcc make build-essential
e execute
rm -rf node_modules
npm cache clean
npm install
OU apenas atualização npm
npm update
Editar 1
No arquivo node_modules/mongoose/node_modules/mongodb/node_modules/bson/ext/index.js
, altere a linha
bson = require('../build/Release/bson');
para
bson = require('bson');