Nesse caso, o alias seria:
alias run='mpirun -np 4 lmp_fedora'
A maneira canônica de adicionar um alias local definido pelo usuário é colocá-lo em ~/.bashrc ; você pode adicioná-lo diretamente a ~/.bashrc usando este comando, que irá anexá-lo ao final do arquivo:
echo "alias run='mpirun -np 4 lmp_fedora'" >> ~/.bashrc
Em seguida, você pode executar source ~/.bashrc para aplicar as alterações em sua instância atual de bash :
source ~/.bashrc