Depende: se você tiver acesso ao console (ou seja: pode acessar o BIOS e inicializar remotamente o servidor a partir de diferentes partições), então sim, você pode usar o CloneZilla instalando-o em uma pequena partição FAT do disco e inicializando-o a partir daí, assim que a instalação terminar,
Se você só tem acesso ao Ubuntu depois que ele foi inicializado, então não, o CloneZilla não é a ferramenta para você.
Se você quiser uma recomendação de software sobre qual ferramenta usar, vá para Software Recommendations Stack Exchange , um site irmão para o Ask Ubuntu.