Atualização 2:
Você afirmou que deseja instalar o Windows no segundo disco interno. Você não incluiu isso na sua pergunta original. Agora adicionarei os seguintes pontos.
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Tanto quanto eu sei, você não pode criar um instalador USB para qualquer versão do Windows que será inicializado no seu Mac. Você deve usar um DVD ou um software de virtualização. Um DVD seria mais fácil. Você sabe se pode inicializar a partir de um DVD de instalação do Windows usando sua unidade óptica externa? Caso contrário, você precisará baixar e instalar o software de virtualização. Eu só tenho experiência com o VirtualBox. O download é gratuito.
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A instalação do Windows em sua segunda unidade interna requer a remoção temporária de sua primeira unidade interna ou a criação de uma partição de 100 MB na primeira unidade para conter uma partição reservada do sistema.
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Você deve primeiro instalar o Windows antes de nos preocuparmos com a instalação do Ubuntu. Eu nunca possuí um Mac com duas unidades internas, então posso aconselhá-lo, mas não posso verificar todas as etapas do procedimento.
BTW, você tem certeza que o seu Macbook Pro é um modelo do final de 2009? Eu pergunto porque o seu modelo não aparece na página da web Requisitos do sistema para instalar o Windows no seu Mac usando o Boot Camp .
Atualização 1:
Eu transferi o arquivo ubuntu-14.04.2-desktop-amd64.iso para uma unidade flash USB usando a versão atual do UNetbootin. Para o "Espaço usado para preservar arquivos através de reinicializações (somente Ubuntu):", usei o padrão de 0 MB. Após a conclusão, uma janela apareceu da seguinte forma.
Ignoreiamensagem"O dispositivo USB criado não inicializa um Mac". Eu suponho que você também pode. Eu reiniciei meu computador e segurei a tecla Option. O seguinte menu apareceu.
Euescolhioíconelaranjaàdireitacomorótulo"EFI Boot". No próximo menu, selecionei "Check disk for defects". Isso levou algum tempo para ser concluído. Após a conclusão, apareceu uma janela com a mensagem "Cheque concluído: nenhum erro encontrado".
Se você chegar até aqui, tente inicializar a versão Live do Ubuntu. Em outras palavras, selecione "Experimentar o Ubuntu sem instalar" no menu.
Eu fiz uma instalação semelhante há algumas semanas. Antes de postar uma resposta detalhada, gostaria de saber como o que você quer difere do que eu fiz. Eu já sei que seu segundo disco é interno. O meu aconteceu de ser um disco rígido externo USB. Meu computador é um iMac 20-inch Mid 2007 executando o OS X 10.10.3 e o Windows 8.1 no disco interno. Eu tenho rEFInd instalado como um gerenciador de boot opcional. Ele reside em sua própria partição formatada hfs + no disco interno. Eu suponho que você gostaria de uma partição semelhante no seu segundo disco.
Concordo que você deve usar o UnetBootin para criar o instalador da unidade flash USB inicializável. O método recomendado para o OS X não verifica onde, como, o uso do UnetBootin ocorre. Eu usei o arquivo ubuntu-14.04.2-desktop-amd64.iso que leva a uma instalação EFI / GPT. Se você estiver usando um arquivo iso diferente, me avise.
Eu não instalei usando um LVM. Se você quiser usar um LVM ou não tiver certeza, me avise. Além disso, minha instalação do OS X não usa o Core Storage.
Ao instalar o Ubuntu, os arquivos foram adicionados à partição EFI no meu primeiro disco. Mudei esses arquivos para uma pequena partição de 100 MB hfs + no segundo disco. Basicamente, esses arquivos são GRUB. Eu adicionei alguns arquivos de rEFInd para fazer essa partição aparecer ao manter pressionada a tecla Option na inicialização e na janela Disco de Inicialização nas Preferências do Sistema OS X. Isso significa que todas as partições usadas para o Ubuntu residirão apenas no segundo disco. O segundo disco irá conter 5 partições. Um ESP não formatado de 210 MB em formato FAT, um ESP formatado em 100 MB hfs +, uma partição rEFInd formatada em 100 MB hfs, uma partição Ubuntu formatada em ext4 e uma partição Linux Swap.