O JavaNNS requer uma biblioteca para funcionar. A biblioteca necessária é o kernel do SNNS. O SNNS era um aplicativo do X Windows e um 'kernel', mas a parte do X Windows foi efetivamente preterida em favor do JavaNNS ... O JavaNNS usa o 'SNN' original do SNNS.
Se bem me lembro, o JavaNNS foi distribuído com o kernel SNNS, pré-compilado para várias plataformas, mas eu sou tudo muito antigo, então não estou particularmente surpreso que ele tenha alguns problemas. Provavelmente não funcionaria mesmo se encontrasse a biblioteca.
Eu criei o pacote Debian para o kernel SNNS e JavaNNS no ano passado (eu usei SNNS cerca de 10 anos atrás e queria novamente no ano passado), que você é bem-vindo a se ajudar se quiser. Eu não ofereço garantia ou suporte, é claro, mas deve funcionar na medida em que vai construir, instalar, as dependências de pacotes entre eles funcionarem, e vai encontrar a biblioteca! Pelo menos, funcionou no sistema Debian na época (que provavelmente era o Squeeze).
Os repositórios no git para ambos são verificados em fontes primitivas com o pacote debian empenhado posteriormente (nenhum dos dois tinha um repositório do git anteriormente, então não consegui bifurcar):