A maioria dos programas está procurando por arquivos de que precisam (como arquivos de configuração, recursos da GUI, ...) em alguns locais codificados e se recusarão a funcionar se esses arquivos não estiverem lá. Para alterar esses locais, você geralmente precisa recompilar os programas (mas às vezes você pode usar as opções de linha de comando ou variáveis de ambiente).
O dpkg e o apt oferecem uma maneira de mudar o local de instalação (até onde eu me lembro é de --root=
com dpkg e Dir::Root
no apt config - mas verifique os documentos se você realmente precisar). Isso é para que você possa montar o diretório raiz de outro sistema em seu sistema e instalar pacotes nele (como se você tivesse sistemas sem disco montando sua raiz via NFS de um servidor).