Ele é criado quando você executa sudo nvidia-xconfig e é carregado quando o host está sendo inicializado. Ele não é criado nem atualizado sempre que o sistema é reinicializado. É usado para configurar o servidor X.Org. Mais informações em:
Com a minha configuração atual com a minha NVIDIA 8800GT e meu antigo monitor de 17 polegadas, ainda preciso do arquivo xorg.conf para criar os modos suportados pelo meu monitor para que o XRandR seja capaz de controlar esse monitor.