Você mencionou que sua pasta pessoal é "criptografada pelo Ubuntu" - na verdade, é criptografada usando o eCryptfs. Verifique a saída de:
grep $HOME /proc/mounts
O aninhamento de diretórios criptografados dentro de diretórios criptografados não é suportado pelo eCryptfs. Desculpe.
Divulgação completa: Sou um dos autores e mantenedores atuais de eCryptfs .