Eu também recebo isso de vez em quando. Usando o console para não reiniciar, mas para descobrir o que está acontecendo revelou que foi um problema com o compiz para mim.
A solução foi matar o compiz e depois retornar ao console gráfico. O Compiz seria reiniciado e tudo voltaria ao normal.
Para matar o compiz através do console, digite o seguinte na linha de comando:
killall -KILL compiz
Depois disso, use Ctrl-Alt-F7 para retornar à sua sessão gráfica, que irá reiniciar automaticamente o compiz para você e você pode continuar sem reiniciar.