Você pode escrever um script php que adicionará uma linha com o formato do cronjob no arquivo / etc / crontab, executando-o com o navegador como http://www.example.com/script.php
.Pode elaborar sua exigência?
Editar você pode adicionar algo dentro do arquivo php como abaixo
<?
$output = shell_exec('crontab -l');
file_put_contents('/tmp/crontab.txt', $output.'* * * * * NEW_CRON'.PHP_EOL);
echo exec('crontab /tmp/crontab.txt');
?>