Você precisa fazer mais nessas aplicações do que no IDM, por exemplo, no IDM, elas tentam usar o máximo de conexões possíveis (isso pode realmente banir alguns servidores), enquanto o padrão da uGet é usar 1. Edite suas configurações para Utilize para usar mais conexões para o arquivo que você está tentando baixar.
Quanto à coisa de carregamento automático, com certeza. FlashGot add-on para o Firefox pode fazer isso.
Por exemplo, defina a opção padrão em FlashGot como uGet e faça o download de algo. O pop-up que pede para concluir o download também tem uma caixa de seleção para lembrar essa configuração, verifique isso e na próxima vez que ele carregará automaticamente o uGet.